Réservée initialement aux châtelains du château du Bois Dieu, la chapelle fut un lieu de culte pour le voisinage avant de devenir un lieu d’exposition et de manifestations culturelles.
L’histoire de la chapelle du Bois Dieu est étroitement liée à celle du Domaine du même nom. Construite vers 1695 par le sieur Claustrier, conseiller du roi et receveur général des finances à la Généralité de Lyon, elle fait l’objet de démarches incessantes des propriétaires du château auprès de l’Archevêché pour que la messe y soit dite.
Au fil du temps les décisions des Evêques oscilleront de l’interdiction à l’autorisation totale en passant par l’autorisation limitée aux grandes fêtes religieuses. Il faut dire que l’éloignement de l’église du bourg à une demi-lieue et la nécessité de franchir le ruisseau des gorges pour s’y rendre la faisait apprécier du voisinage.
En 1804, l’autorisation d’exercer le culte est délivrée par le préfet du département du Rhône.
En 1805, par la grâce du cardinal-légat Caprara, archevêque de Milan (1733-1810), un chemin de croix est érigé dans la chapelle de Bois-Dieu.
En 1806, le cardinal Joseph, archevêque de Lyon, authentifie deux reliquaires en bois de forme ronde et vitrés dans lesquels se trouvent entre autres des reliques de Saint Charles de Borromée, Saint François de Sales et Saint Vincent de Paul. Ces deux reliquaires existent toujours et portent le sceau du cardinal Fesch, mais ils ne sont plus dans cette chapelle.
La propriété ayant été acquise par Monsieur Fleurdelix vers 1840, la chapelle est démolie et remplacée par une élégante construction de style néogothique que l’on peut voir encore aujourd’hui. Les vitraux latéraux comportent les armoiries des Fleurdelix et des Vaugelas. Le monument, fermé au public, fut restauré par la commune de Lissieu en 2005. Elle est depuis un lieu d’exposition, en particulier de peinture et de manifestations culturelles diverses.